Navalny là người gốc Nga và Ukraine.[25] Cha anh đến từ Zalissia, một ngôi làng gần biên giới với Belarus ở Ivankiv Raion, Kiev Oblast, Ukraine. Navalny lớn lên ở Obninsk khoảng 100 kilômét (62 dặm) phía tây nam Mátxcơva, nhưng đã trải qua những mùa hè thời thơ ấu với bà của mình ở Ukraina, đạt được trình độ thông thạo tiếng Ukraina.[25][26] Cha mẹ anh, Anatoly Navalny và Lyudmila Navalnaya, sở hữu một xưởng dệt giỏ ở làng Kobyakovo, Moscow Oblast, họ đã điều hành từ năm 1994.[27]

Navalny tốt nghiệp Đại học Hữu nghị Nhân dân của Nga năm 1998 với bằng luật. Sau đó, ông theo học chứng khoán và trao đổi tại Đại học Tài chính thuộc Chính phủ Liên bang Nga.[28][29] Navalny nhận được học bổng cho chương trình Yale World Fellows tại Đại học Yale vào năm 2010.[30][31]